Struktur Organisasi di SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo berbeda dengan sekolah SMP pada umumnya, sebutan Pengurus diberikan kepada Bapak Ibu Guru yang mendapat tugas tambahan. Adapun susunan Struktur Personalia Pengurus SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo tahun pelajaran 2020/2021 adalah sebagaimana berikut :
Pengasuh PonPes API ASRI : KH. Nasrul Arif Ketua Yayasan : KH. Achmad Izzuddin, Lc. M.S.I. Komite Sekolah : H. Muh Budiono, Bsc. Kepala Sekolah : Teguh Siswata, S.Pd. Wakil Kepala Urusan Kurikulum : Sardani Ari Jatmoko, S.Pd Staf Kurikulum I : Sofia Nur Ida R, S.Pd Staf Kurikulum II : Dyah Lukito Sari, S.Pd Kepala Urusan Kesiswaan : Eko Hernawan Ardianto, S.Or. Gr Staf Kesiswaan Putra : Cahya Cantrika, S.Pd. Staf Kesiswaan Putri : Puji Diastuti, S.Pd.Gr Pembina IPNU : Farikhin Akhmad Arrosid, S.Pd Pembina IPPNU : Nurwiyati, S.Pd. Gr Kepala Urusan SarPras : Budi Setiawan, S.Pd.Si Staf Sarana Prasarana I : Asri Noviana Nugraheni, S.Pd Kepala Urusan Humas : Najib Tafrikhan Staf Humas : Hernawan, S.E.I Kepala Perpustakaan : Suciati Muzayanah, S.Pd. Staf Perpustakaan : Khamdanah, S.Pd Pustakawan : Reni Rahmawati, S.Kom. Khalimatul Sadiyah Zikky Alami Latis Shifa, S.Pd. Laboran Lab. Komputer : Ahmad Nasir Laboran Lab. IPA : Sri Rejeki, S.Pd. KETATA USAHAAN Kepala Tata Usaha : Roli Wahyu Ardiyanto, S.Kom. Staf I Bidang Tendik dan Operator Sekolah : 1. Dhian Hendry Setyawan, S.Pd.T. 2. Ardy Wibowo, S.Pd. 3. Achmad Irfanudin Asbiani, S.Pd. Staf II Bidang Administrasi Kesiswaan : 1. Miftachul Chasanah, S.Kom. 2. Nihayatul Qori’ah, S.Pd. Staf III Bidang Administrasi dan Umum : Bagas Santosa, S.Pd. Bendahara Sekolah : Umi Nadhirah, S.Ag. Bendahara BOS : Ema Ervina Devi, SE. Office Boy : 1. Ahmad Dakwan Rosyid 2. Kamarudin Pengemudi : Asmuni Satpam : 1. Nur Rohmat 2. Toyib
Adapun struktur organisasi SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo secara skematis dapat digambarkan sebagai berikut: