Sejarah SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo Kabupaten Magelang tidak lepas dari sebuah lembaga non-formal Asrama Perguruan Islam (A.P.I.) Pondok Pesantren Salaf Tegalrejo. Karena SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo dilahirkan berangkat dari salah satu pesantren besar di Jawa Tengah. Asrama Perguruan Islam (A.P.I.) Pondok Pesantren Salaf yang lebih dikenal dengan sebutan Pondok Pesantren Tegalrejo berdiri pada tahun 1944 atas prakarsa Bapak KH. Chudlori bin Ikhsan.
KH. Chudlori bin Ikhsan adalah seorang santri yang nyantri di Pondok Pesantren Darussalam “Watucongol” Muntilan, Magelang dibawah asuhan KH. Dalhar (1870 – 1959). Hingga beliau diangkat sebagai menantu dan sekembalinya dari Pondok Pesantren Watucongol, KH. Chudlori bin Ikhsan mendirikan pondok pesantren kecil di desa Tegalrejo, Kecamatan Tegalrejo, Kabupaten Magelang +/- 9 km sebelah timur Kota Magelang.
Pendidikan agama yang ada di Pondok Pesantren Salaf Tegalrejo dengan sistem salafiyah telah membawa pondok pesantren tersebut berkembang menjadi sebuah lembaga pendidikan keagamaan yang cukup besar dan telah mampu melahirkan para tokoh-tokoh dan ulama besar Indonesia (salah satunya KH. Abdurrahman Wahid, mantan Presiden RI ke-4) membuat pesantren tersebut kian diminati hingga sampai saat ini terdapat sekitar 5500 santri.
Dalam perkembangannya, sepeninggal KH. Chudlori (1977) kepemimpinan Pondok Pesantren Salaf Tegalrejo dilanjutkan oleh putra beliau diantaranya KH. Abdurrahman Chudlori, KH. Achmad Muhammad Chudlori, KH. Mudrik Chudlori, KH. Chanif Chudlori, KH. Chaidar Chudlori, KH. Noor Machin Chudlori, dan putra bungsu beliau KH. Muhammad Yusuf Chudlori.
Seiring dengan perubahan zaman, timbullah pemikiran untuk membentuk sebuah lembaga yang tidak harus bergerak pada pendidikan agama Islam, namun melakukan banyak hal nyata bagi masyarakat. Maka pada tahun 2000 lahirlah Yayasan Syubbanul Wathon (Pemuda Bangsa) yang diketuai oleh KH. M. Yusuf Chudlori (Gus Yusuf).
Yayasan Syubbanul Wathon pada awalnya bergerak dibidang pertanian dan peternakan, namun seiring berjalannya waktu dan tuntutan dari masyarakat luas Yayasan Syubbanul Wathon terus melakukan eksplorasi hingga saat ini yayasan tersebut setidaknya telah memiliki tiga bidang usaha, yakni bidang ekonomi meliputi Baitul Maal wat Tamwil (BMT) Barokah Grup, rumah makan Griya Dahar Brambang Salam Tegalrejo, Griya Dahar Brambang Salam Tempuran dan Brambang Salam (BS) Mart, bidang pengembangan sumber daya manusia meliputi Pesantren Enterpreneur (Partner) dan Lembaga Pendidikan Keterampilan (LPK), bidang kesehatan RSU Syubbanul Wathon , dan bidang pendidikan formal.
Khusus untuk bidang pendidikan formal Yayasan Syubbanul Wathon telah mendirikan sejumlah lembaga pendidikan, meliputi PAUD, TK Islam Terpadu, SD Islam Terpadu Al-Ma’ruf Tegalrejo, SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo, SMP Syubbanul Wathon Bandongan, SMK Syubbanul Wathon Tegalrejo, SMK Syubbanul Wathon Secang dan SMA Syubbanul Wathon yang semuanya dibawah Dinas Pendidikan dan Kebudayaan, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan , MTs Unggulan Syubbanul Wathon Tegalrejo dibawah Kementrian Agama serta Sekolah Tinggi Agama Islam (STAIA) Syubbanul Wathon Magelang dibawah Direktorat Pendidikan Tinggi Islam, Kementerian Agama.
Kesemuanya lahir dari pemikiran para pengasuh Pondok Pesantren Tegalrejo meski dalam strukturnya terpisah dari Pondok Pesantren Salaf Tegalrejo sebagai induk pengembangan, sehingga cita-cita besar untuk menjadi Tegalrejo Swalayan Ilmu setapak demi setapak mulai terwujud. SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo merupakan salah satu dari 250-an SMP di Indonesia yang menjadi pilot projek berdasar kesepakatan bersama Direktur Pembinaan Sekolah Menengah Pertama Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan dan Direktur Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren Kementerian Agama tentang Pengembangan Sekolah Menengah Pertama berbasis Pesantren (SBP) Nomor : 815/C3/LL/2008 dan Nomor : Dt.I.III/83/2008 tanggal 9 Mei 2008, yang berangkat dari kegelisahan para petinggi didua kementerian tersebut atas kondisi lembaga-lembaga pendidikan formal yang belum maksimal dalam membentuk ‘produk’ yang berkarakter kebangsaan dan ke-Indonesiaan.
SMP Syubbanul Wathon Tegalrejo berdiri pada tahun 2010 dan diresmikan pada tanggal 6 Maret 2011 oleh Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Bapak Prof. Dr. Ir. Mohammad Nuh, DEA. Dalam menunjang dan mendukung visi dan misi sekolah maka proses transformasi ilmu berkesinambungan selama 24 jam dengan konsep one stop education dengan sistem boarding school, salah satu ihtiar dalam rangka mengimplementasikan program tersebut maka keberadaan Asrama Pelajar Islam (A.P.I.) Pondok Pesantren Asri Tegalrejo adalah sebuah keniscayaan.